רבי מלאכי ב"ר יעקב הכהן (חי באיטליה לפני כ300 שנה) הביא בספרו יד מלאכי את ההסבר הבא: "איידי דאתי מדרשא חביבא ליה, הסתכל אמרם חביבא ליה ולא אמרו חשיבא ליה משום דדבר שהאדם יוציא בהיקש שכלו וחקירתו חביב לו הרבה ושמח עליו ומתכבד בו יותר ממה שנמסר לו מן הקבלה ומתוך חביבותייהו דנו בהן גם בגזירות ותקנות דרבנן להסמיכן אל המקראות וכמו שאמרו בדוכתי טובא מדרבנן ואסמכינהו רבנן אקראי" (כללי התלמוד כלל יא ע"פ קנאת סופרים לרבי חנניה קזיס).
אם כן, כמובן שהסברות השכליות אינן חשובות יותר מהלכות הנלמדות מהתורה, אך הן חביבות משום שחכמים כיוונו לאמיתה של תורה.
ולמעשה מסכת בבא בתרא כולה מתאפיינת בדרשות שכליות כדברי הרמב"ם בהקדמתו לפיהמ"ש "וסדר החלק הזה (מסכת בבא בתרא) באחרונה, בשביל שכולה קבלה, ודברי סברות, ולא התבאר מן התורה".
ואולי משום כך, מסכת בבא בתרא חביבה כל כך על הלומדים בישיבות...
בשיעור הפתיחה של הרב קוק למסכת בבא בתרא (ג' חשון תרפ"ט) שמופיע ב'טוב ראי' יש רעיון נפלא הבונה קומה נוספת:
מה היחס בין ג' הבבות?
מסכת בבא קמא מפורשת בהרבה פסוקי התורה.
מסכת בבא מציעא פחות מפורשת בתורה.
מסכת בבא בתרא כולה סברות (כדברי הרמב"ם).
השאלה היא איזו מסכת מקודשת יותר- זאת שמפורשת בתורה או זאת שכולה סברות?
יש צד לומר (בהסתכלות הנגלית) שמה שבא מתוך התורה הוא יותר מקודש מאשר מה שמגיע מסברא אנושית. לפי שיטה זו כל חדא וחדא מסכת בפני עצמה ואם כן "כל המקודש מחברו קודם את חברו".
אך יש צד אחר (בהסתכלות הפנימית) שאיפכא מסתברא - שמה שתלוי בסברא אחוז בכלליות הקדושה "הרוצה ששיחכים יעסוק בדיני ממונות" (סוף ב"ב).
כאשר החכמים בסברותיהם בשכל האנושי מכוונים לעומק התורה ולאמיתה של תורה, זה מקודש יותר. לפי שיטה זו חדא מסכתא היא ואם כן "מעלין בקודש ולא מורידין".
לאור דברי הרב קוק מובן שהתנא פתח במשנה דווקא בדרשת חכמים שהרי היא חביבה ומקודשת.
