במשנה בשביעית נאמר שארץ ישראל מחולקת לשלושה חלקים לעניין שמירת השמיטה: "שלש ארצות לשביעית: כל שהחזיקו עולי בבל מארץ ישראל ועד כזיב לא נאכל [=יש להקפיד על קדושת שביעית ועל זמן הביעור] ולא נעבד [=אין לעבוד את הקרקע בשביעית ואם עשה כן אסור לאכול מאותן גידולים] וכל שהחזיקו עולי מצרים מכזיב ועד הנהר ועד אמנה נאכל אבל לא נעבד מן הנהר ומאמנה ולפנים נאכל ונעבד" (ו, א). עולי בבל הם עזרא ונחמיה ואנשיהם כשעלו מבבל. הדין במשנה הוא כל מקום שהחזיקו בו עולי בבל נוהגים בו כל דיני שביעית בין באכילה ובין בעבודה כי נתקדש בקדושה שניה לשעתה ולעתיד לבוא. אולם המשנה אומרת שכל מקום שהחזיקו בו עולי מצרים שהם יהושע ובני ישראל כשכבשו את הארץ - אין לעבוד בשביעית מדרבנן בלבד כי הקדושה הראשונה בטלה. החלוקה הזאת בין עולי מצרים לעולי בבל שייכת לא רק לגבי השביעית, אלא לכל המצוות התלויות בארץ. יש להבין את העומק של ההבדל בין קדושה ראשונה לקדושה שניה.
ישנה מחלוקת תנאים בשאלה 'האם קדושה ראשונה קדשה לשעתה וקדשה לעתיד לבוא?' אחת השיטות היא שקדושה ראשונה קידשה לשעתה ולא קידשה לעתיד לבוא (ראה: ערכין לב, ב ועוד) ואילו קדושה שניה קידשה לשעתה ולעתיד לבוא (יבמות פב, ב; בדברי רש"י). השאלה היא מה ההבדל ביניהם? מדוע קדושה שניה היא נצחית? יש לשאול מה קורה בתקופת הגלות? לפי שיטת הרמב"ם הקדושה שעולי מצרים קידשו את הארץ (קדושה ראשונה) היתה רק לשעתה, אך לא לעתיד לבוא. ולעומת זאת, דווקא הקדושה שעולי בבל קידשו את הארץ (קדושה שניה), היתה לשעתה ולעתיד לבוא (הל' בית הבחירה ו, יד-טז; הל' תרומות א, ה). מדוע הגלות ביטלה את הקדושה הראשונה אך לא ביטלה את הקדושה השניה?
הרמב"ם מסביר שעולי מצרים כבשו את ארץ ישראל במלחמה ומכח הכיבוש ארץ ישראל נתקדשה בקדושה ראשונה. אך בחורבן הבית הראשון, כאשר ארץ ישראל נלקחה מידינו והכיבוש בטל, ממילא גם קדושת הארץ בטלה לעניין שביעית ותרומות ומעשרות (בכל מקרה יש לא"י גם קדושה עצמית). אולם, עולי בבל לא כבשו את ארץ ישראל במלחמה "אלא בחזקה שהחזיקו בה", ולכן אפילו בחורבן הבית השני, קדושת הארץ לא בטלה שהרי קדושה שניה עומדת לשעתה ולעתיד לבוא (רמב"ם הל' תרומות א, ה; רמב"ם הל' בית הבחירה ו, טז; פיהמ"ש עדיות ח, ו). הרעיון הוא שעולי מצרים קידשו את ארץ ישראל באמצעות כיבוש מלחמה. אך עולי בבל קידשו את ארץ ישראל בקניין חזקה. לכן קדושה ראשונה לא קידשה לעתיד לבוא כי המלחמה אמנם טובה לשעתה, אך אינה מספיקה לטווח הרחוק. אולם, קדושה שניה קידשה לשעתה ולעתיד לבוא כי קנין חזקה שהינו כח השלום גדול יותר.
ירושת הארץ יכולה להיעשות בשתי דרכים, בדרך של מלחמה על ידי כיבוש או בדרך של שלום על ידי ישיבה (התיישבות) שהיא קנין חזקה. רבי ישמעאל דורש את הפסוק "וִירִשְׁתֶּם אֹתָהּ וִישַׁבְתֶּם בָּהּ" (דברים יא, לא) לא כשתי פעולות שונות "ירושת הארץ" ו"ישיבת הארץ", אלא ש'ברירת המחדל' לירושת הארץ היא על ידי ישיבת הארץ "במה ירשתם? בישיבה" (קידושין כו, א). יש בכך אמירה חשובה שאמנם המלחמה היא כמובן לגיטימית ולפעמים הכרחית, אך היא אינה 'ברירת המחדל' שלנו, אלא הברירה האחרונה.
ולכן דוד המלך שהיה יכול לכבוש את מקום המקדש במלחמה, בחר בדרכי שלום וקנה את מקום המקדש מאֲרַוְנָה היבוסי (שמואל ב' פרק כד; מנחת חינוך רפד, ו). מכאן רואים שהמלחמה אינה אידיאל, אלא הכרח ואילו הכח של השלום גדול מכח המלחמה. חשוב לציין שאמנם כח השלום גדול מכח המלחמה, אך רעיון זה נכון רק כאשר ניתן לממש את כל המטרות בדרכי שלום, אך כמובן שבמידה ולא - יש להילחם. אם כן, כדברי הרב יעקב אריאל "המלחמה היא הברירה האחרונה, ועם זאת הליגטימית" (תחומין ה עמוד 175). ולכן, בהלכה אין מצוות מלחמה, אלא מלחמת מצוה. המושג 'מלחמת מצוה' מבטא את הרעיון שישנם ערכים שלמענם יש להילחם, אך המטרה היא המצוה ולא המלחמה. בנוסף, כאשר לוחמים מקיימים מצוה, אך אין מצוה להילחם כאשר אין צורך בכך (ראה: תחומין שם). "כל מה שכתוב בתורה לשום שלום הוא נכתב ואף על פי שכתוב בתורה מלחמות אף המלחמות לשום שלום נכתבו" (תנחומא צו, ג).